این انیمیشن با صداپیشگی الایجا وود، جنیفر لاو هیوت و دیگران، داستان تام بندانگشتی و بندانگشتی، شخصیت‌های محبوب و کوچک قصه‌های پریان را روایت می‌کند که برای اولین بار در این داستان موزیکال، جادویی و دلگرم‌کننده درباره شجاعت و دوستی در کنار هم قرار می‌گیرند. پس از ۱۵ سال، این دو دوباره به هم می‌پیوندند و زمانی را به یاد می‌آورند که دهکده‌شان توسط یک غول نابود شد. به زودی آن‌ها متوجه می‌شوند که قدرت‌های جالبی دارند که می‌توانند از آن‌ها برای کارهای خوب استفاده کنند.

وقتی پیتر، برادر تام، به سرخک مبتلا می‌شود، تام را می‌فرستند تا با عمو آلن و زن‌عمو گوئن در آپارتمانی بدون باغ زندگی کند که صاحب‌خانه سالخورده‌ای به نام خانم بارتولومیو نیز در طبقه بالای آن سکونت دارد. از آنجا که احتمال دارد تام ناقل بیماری باشد، اجازه بازی در بیرون از خانه را ندارد و احساس تنهایی می‌کند. او به دلیل نداشتن فعالیت بدنی، شب‌ها کمتر خوابش می‌برد و وقتی می‌شنود که ساعت بزرگ و قدیمی ساختمان به طرز عجیبی ۱۳ ضربه می‌نوازد، به جستجو می‌پردازد و کشف می‌کند که حیاط خلوت کوچک خانه اکنون به باغی بزرگ و آفتاب‌گیر تبدیل شده است.

یک دانشجوی دامپزشکی مشغول نوشتن پایان‌نامۀ تحصیلی خود است. او تعدادی حیوان را که مورد آزار دیگران قرار داشتند از خیابان‌ها یا خانه‌های آنان جمع کرده و در اطاقی به همراه وسایل برقی خود نگهداری و درمان می‌کند. در اثر اختلال در جریان برق کلیۀ اطلاعات رایانه‌ای مربوط به پایان‌نامۀ دانشجوی جوان پاک می‌شود! همه از این وضع بسیار متأسف می‌شوند. دانشجوی جوان مجبور می‌شود حیوانات را به دلیل مشکلات ایجاد شده به دوست بدجنسی بسپارد، غافل از اینکه او هم آنها را به جاهای دور می‌فر‌ستد، اما…